Lotus racconta la storia della tedesca baltica Alice von Trotta, che torna nella tenuta del defunto padre in Lettonia nel 1919 con l'intenzione di venderla e iniziare una nuova vita. Quello che inizia come un viaggio semplice rivela presto pericoli nascosti: Alice incontra l'ostilità dei lavoratori locali e si ritrova intrappolata in una trappola attentamente orchestrata dal demoniaco avvocato Emil Keyserling, dalla decadente organizzazione clandestina Viva la Mort e dal suo leader necrofilo Sieba Falstaff. Il loro obiettivo è manipolare Alice, una donna francese istruita che ha subito un grave trauma, che le ha portato all'amputazione di una gamba. Keyserling e Sieba vedono l'intelligenza e il talento artistico di Alice come strumenti di manipolazione, con l'intenzione di prendere il controllo del paese attraverso l'arte, in particolare il cinema muto. Nel tentativo di sfuggire a questo circolo corrotto, Alice trova alleati negli appassionati di cinema lettone che lavorano a un film muto sugli antichi lettoni. Ispirata dalla loro dedizione, inizia a sperimentare con il montaggio e crea la sua opera unica. Nel frattempo, il viaggio di Alice alla scoperta di sé si trasforma in uno scontro con i suoi nemici, portando alla creazione accidentale di un capolavoro d'avanguardia che inaugura un nuovo approccio cinematografico.